越狱第1-5季剧情主要阐述的是有关营救的故事，迈克尔为了能救他被别人诬陷坐牢的亲哥哥林肯，策划越狱并顺利逃离，在逃跑之路中再度坐牢，最终搜集证明以确保脱罪的过程。
主要就是迈克尔为了救哥哥不断的越狱生涯
越狱第5季不是前传。实际上，越狱第5季是续集，延续了前四季的故事。在第4季结尾，主角迈克尔·斯科菲尔德（Michael Scofield）在完成拯救林肯·巴罗斯（Lincoln Burrows）的任务后，与莎拉·唐克瑞斯特（Sara Tancredi）一起去了巴拿马，开始新的生活。
第5季的故事发生在第4季结尾后的几年。在这一季中，迈克尔和莎拉在巴拿马的生活受到威胁，他们不得不再次陷入逃亡和拯救的行动。这一季的重点是揭示迈克尔和莎拉在过去几年中所面临的问题，以及他们如何应对新的危机。
至于“越狱兔”系列，它与电视剧《越狱》并无直接关系。越狱兔是一部以1961年苏联监狱为背景的动画系列，讲述了两只兔子普京和基里连科在监狱中的故事。这部动画与电视剧《越狱》在名称上相似，但内容上并无关联。
不是前传。原拍完4季后不准备拍了，是应版权方要求拍的。所以和前4季故事有点冲突
迈克尔因为中了冷冻液的毒所以危在旦夕。情急之下，林肯只好打电话给莎拉求救。可是莎拉在通电话的时候，不小心被雅各布听到了。然后等莎拉打完之后，雅各布一直在追问莎拉。莎拉不知道雅各布的真实身份，所以详细地回答了雅各布的问题。随后，莎拉就坐飞机去希腊。雅各布也立刻叫人向各地的航班和船只发送通缉令来对付迈克尔。
林肯和维普带着迈克尔上了船并去到了希腊，并找了一个公寓隐藏起来。迈克尔躺在床上休息，林肯和维普就去把刚下飞机的莎拉接到公寓，莎拉看到迈克尔之后非常激动，亲吻了迈克尔的额头，然后帮迈克尔解毒。迈克尔稍微好了一点，然后问莎拉要儿子的照片，并准备将所有事情详细地告诉莎拉。但是迈克尔在看莎拉手机的时候，发现了莎拉的现任老公正是波塞冬，迈克尔马上告诉莎拉，莎拉非常惊慌，并马上回家保护儿子。迈克尔告诉莎拉，波塞冬是个变节了的中情局卧底，让莎拉学会伪装并保护自己。等莎拉回到家，莎拉发现儿子不见了，波塞冬告诉她说儿子去了朋友的家过夜，于是莎拉偷偷地叫海瑟帮忙接走儿子，但是这一切波塞冬都预料到了，而且派了杀手去海瑟的家里等着海瑟带着莎拉的儿子回来。
迈克尔等人设法立刻希腊，想回到美国，只要回到美国，他们就有法律保护。所以，林肯打电话给苏克雷，苏克雷告诉他，只要有五万美元，苏克雷的船长就愿意搭林肯他们去美国。于是，林肯带着迈克尔和维普登上了大船，但是正当苏克雷跟迈克尔庆祝重逢之时，船长收到传真，知道了迈克尔是通缉犯乌提斯，于是船长锁住了迈克尔等人房间的门并且报了警。
警方派出海豹突击队，幸好苏克雷熟悉船上的结构，然后通过演戏成功骗过海豹突击队，让突击队以为迈克尔已经跳船，然后迈克尔带着林肯和维普去船隐蔽的地方躲避，而苏克雷就去改变了船的航道，使船开向公海，所以海豹突击队只好撤退。但是波塞冬知道了海豹突击队撤退的消息后，立刻跟另外一个高级卧底合作，发射了导弹去击毁迈克尔所在的船。幸好听到海豹突击队的撤退声的迈克尔想到了有导弹飞来的可能，所以迈克尔带领林肯、维普和苏克雷成功跳海避过一劫。
在第5季第7集中，麦克和林肯冒着生命危险前往古巴寻找剩余三分之一的瘟疫病毒，与此同时，苏克雷和鲍威尔开始对孟买护照更深入的调查，获得了一些重要线索。
同时，迈克尔还在和伊莎贝拉联系，试图揭开她为何要毁灭他们计划的阴谋，而另一方面，塞拉因为害怕迈克尔再次离开他而感到愤怒和无助。