虽和五阿哥永琪（古巨基 饰）最终结为连理，但是小燕子（黄奕 饰）丝毫不改调皮顽劣的本性，伙同永琪、尔康（周杰 饰）、紫薇（马伊俐 饰）又惹出不少乱子，更时不时假传圣旨安排晴儿（王艳 饰）和萧剑（黄晓明 饰）见面。
在此过程中，小燕子渐渐弄清了自己的身世，由此对永琪和一向亲近的皇阿玛产生了矛盾复杂的情怀。
皇太后担心永琪的子嗣问题，遂将美女知画（秦岚 饰）送到永琪身边，也使得小燕子和永琪之间产生更大的裂痕。
不久，边疆发生战乱，尔康随军南下，他和紫薇也面临着生离死别的考验……
第二八集
云南清军墓地，号手拿起长号，吹起军乐，军旗升起，永琪将酒倾倒在地上，敬这些英勇殉难的士兵。尔康并没有下葬，永琪要将尔康带回北京，带到紫薇身边，即使尔康已没有任何感觉，他还是要尔康回家。一会儿，傅恒来到，传来胜利的捷报，缅军已退出云南，战争结束了。众人欢呼之声响彻云霄，永琪木然，为了打赢这场仗，付出了多大的代价，胜利对他已经没有任何意义了。
还珠格格第三部是在2002年拍摄的
《还珠格格第三部》是根据琼瑶小说《天上人间》改编的一部古装言情剧
该剧是《还珠格格》系列的完结之作，讲述了小燕子与永琪、紫薇与尔康完婚之后的故事。全剧于2002年4月初在北京开机、同年9月初杀青，2003年7月在台湾中视首播。《还珠格格》第一部于1998年播出，《还珠格格第二部》于1999年播出。
2003年《还珠格格第三部：天上人间》出世，但是第三部却没有前两部那么高的热度，可能里面的很多主演都换人了，再加上一些剧情的改编，观众对这一部的印象并没有之前那么深。