一种病毒突然爆发了并迅速传播着，而超级计算机“火焰女皇”为了控制病毒不让其外泄到地面上，将蜂巢全部封闭，病毒很快感染了所有工作人员。
以艾丽丝、瑞恩和马特为首的一个救援小组接到命令后来到了蜂巢，队员们很快发现这些工作人员已成为恐怖的丧尸。一但被他们咬伤或被抓伤就会受到感染，甚至变成丧尸。
救援小组的队员拼尽全力脱离困境并阻止了病毒的继续扩散
《生化危机》系列首款作品的故事发生在1998年，但实际上，整个系列剧情的起源是从1960年4月开始，一个欧洲的世袭贵族家庭阿什福德的第五代继承人爱德华·阿什福德，与他的大学同学奥斯威尔·斯宾塞在非洲旅行的时候发现了一种当地人称为“太阳阶梯”的花朵，其花粉里含有一种能够破坏人体DNA的毒素。两人将这个病毒命名为始祖病毒。
爱德华请教了他在大学时候的病毒学教授詹姆斯·马库斯，马库斯对始祖病毒的研究方向提供了非常多的意见。
生化危机3剧情：随着威力巨大的核武器的惊天动地的爆炸声，“罪孽深重”的整座拉科恩市瞬间就被从美国版图上抹了下去。不过，硝烟尚未散尽，已经有几个幸存者踏上了自己的求生之路。机智勇敢的卡洛斯·奥利维拉、勇猛乐观的L.J.、沿途被救下的性感的K玛特、克莱尔·莱德菲尔德以及年轻的护士贝蒂一行五人艰难地向着北方的“洁净之地”前行着。
与此同时，一直在拼尽全力努力着阻止僵尸病毒的进一步传染的爱丽丝也在一路与疯狂的噬人僵尸的战斗中，再次杀回了这座废墟城市，希望能营救到一些生还的人士。而当她得知这一切可怕的灾难都出自保护伞公司之手时，便下定决心要结束这可怕的一切。杀入保护伞公司总部，彻底清除阴险的艾尔伯特·维斯特和他的邪恶助手伊萨克斯博士。
但早有准备的伊萨克斯已然为爱丽丝准备好了一切：强壮成群的僵尸、各种杀人陷阱、以及更令人毛骨悚然的可以在瞬间毁灭数百万正常人的最新型的T病毒……
不过，爱丽丝并非孤军作战。先前的五人“亡命”小组最终加入了爱丽丝惩恶扬善的队伍，一同奔着阴森可怖的保护伞公司的总部杀将过去。