性质不同:太平天国是彻底是农民起义，反帝反封建，而义和团只是帮助清政府对抗侵略。
组织不同:太平天国有明显的国家机构组织，而义和团则依附于清政府。
太平天国与义和团的区别是太平天国有严密的组织机构，经过了长期的准备酝酿，而义和团也是个松散的组织，革命行动也很仓促。
义和团运动和太平天国运动相比还是有许多共同之处的，首先这两次运动都是以农民为主体力量的，而且都是用暴力的方式进行抵抗和战斗，但是同时也都暴露出了很大的局限性。
也正是因为这些本身就存在的局限性才让这两次运动都以失败作为了结局，虽然结果是失败了可是在历史上所起到的作用还是存在的，而且这两次运动都在一定程度上延缓了西方国家侵略的步伐。但是义和团运动和太平天国运动相比还是有许多不同点的。
义和团运动和太平天国运动的历史背景并不相同，太平天国运动发生的时候战争刚刚过去，而国内的矛盾却开始出现了空前的强烈。然而义和团运动和太平天国运动相比却是因为民族之间的矛盾而发生，义和团运动发生还是因为西方国家的侵略问题。另外义和团运动和太平天国运动相比义和团主要的矛头还是指向了西方帝国。
它们俩有本质的区别，太平天国以推翻满清改朝换代为目的，义和团是维护清朝统治，抵御洋人为目的，另外太平天国有明确的政治纲领。
义和团起源于山东，太平天国起源于广西；义和团只反帝国主义，不反清廷，太平天国既反帝国主义，也反清廷；义和团只是民间团体，没有建立政权，太平天国建立了政权；义和团没有强有力的领导集团，太平天国有统一有力的领导集团。
1、太平天国较义和团运动更有组织性和纪律性，太平天国有严密的政权等级划分有统一的组织领导，有明确的攻取路线，而义和团运动无统一组织，统一领导，过于零散；
2、它们起义的背景不同。太平天国运动是不满足于清王朝腐朽统治揭竿而起，而义和团运动起义由于洋教的猖獗，打击洋教而起义；
3、它们运动的目的不同。太平天国旨在建立大同理想社会：无处不均匀，无处不饱暖，有田同耕，有衣同穿，有饭同食，有钱同使，而义和团运动初期口号：“扶清灭洋”旨在清除外国侵略势力，扶保大清；
4、革命纲领与政权上，太平天国有明确的革命纲领《天朝田亩制度》建立了与清庭相对峙的政权，而义和团运动都没有；
5、清王朝态度上，对太平天国运动，清廷自始至终的剿杀，而对义和团运动先是血腥镇压，随后改为招抚，再后来又变为镇压。
太平天国运动发生在鸦片战争后，而义和团运动发生在19世纪末。
2.太平天国运动有统一的领导、纲领、组织，而义和团无领导、纲领、组织。
3.太平天国运动建立了政权，持续时间长达十四年之久，规模巨大。而义和团运动并未建立政权，持续时间短。
4.太平天国运动对西方外来思想并无排斥，而义和团运动盲目排外。
义和团组织形式比较松散，不反对清政府，以反对侵略为目标，而太平天国以推翻清政府，建立新政权为目标，组织严密，并最终建立了太平天国政权。