东野圭吾的悬疑故事往往以复杂的人物关系和巧妙的情节设置吸引读者。故事中，犯罪动机、手法和真相常常隐藏在日常生活的细节之中，需要读者跟随主角一同抽丝剥茧，最终揭示出惊人的真相。他的作品既考验智力，又触动人心。
本格类
放学后（1985）
侦探俱乐部（1990）
回廊亭杀人事件（1991）
白马山庄杀人事件（1986）
名侦探的诅咒（1996）
名侦探的守则（1996）
预知梦（2000）
侦探伽利略（1998）
伽利略的苦恼（2008）
空中杀人现场（1989）
假面山庄杀人事件（1990）
假面饭店（2011）
社会派
以眨眼干杯（1988）
天空之蜂（1995）
恶意（1996）
白夜行（1999）
单恋（2001）
信（2003）
杀人之门（2003）
彷徨之刃（2004）
红手指（2006）
使命与心的极限（2006）
圣女的救济（2008）
虚无的十字架（2014）
吐槽派
名侦探的守则（1996）
名侦探的诅咒（1996）
超?杀人事件（2001）
医学类
变身（1991）
分身（1992）
宿命（1990）
使命与灵魂的尽头（2006）
人鱼沉睡的家（2016）
运动类
魔球（1988）
鸟人计划（1989）
美丽的凶器（1992）
梦回都灵（2006）
疾风回旋曲（2013）
白银杰克（2013）
风雪追击（2016）
爱情类
沉睡的森林（1989）
秘密（1998）
平行世界爱情故事（1995）
白夜行（1999）
单恋（2001）
黎明之街（2007）
危险的维纳斯（2016）
恋爱的贡多拉（2016）
亲情类
魔球（1988）
秘密（1998）
时生（2002）
信（2003）
彷徨之刃（2004）
流星之绊（2008）
布谷鸟的蛋是谁的（2010）
恐怖类
美丽的凶器（1992）
从前我死去的家（1994）
天空之蜂（1995）
湖边凶杀案（2002）
绑架游戏（2002）
濒死之眼（2007）
梦幻花（2014）
散文类
我的晃荡的青春（1995）
挑战？（2004）
科学？（2005）
梦回都灵（2006）
东野圭吾的最后致意（2007）
短篇集
浪花少年侦探团（1988）
空中杀人现场（1989）
侦探俱乐部（1990）
没有凶手的杀人夜（1990）
天使之耳（1991）
和阿忍老师说再见（1993）
怪人们（1994）
怪笑小说（1995）
名侦探的守则（1996